Friday, March 30, 2007

Heeft Darwin 20 jaar gewacht?

Gisteren stond in Nature een artikel waarin betoogd wordt dat het verhaal dat Darwin 20 jaar gewacht heeft met de publicatie van zijn hoofdwerk The Origin of Species een mythe is die in 1948 voor het eerst in het boek Darwin: Before and After door Robert Clark werd uitgevonden en sindsdien steeds is herhaald.

De verklaring was dat Darwin bang was voor kritiek van religieuze kant inclusief zijn eigen vrome gelovige vrouw. De historicus Van Wyhe wijst erop dat Darwin's tijdgenoten nooit over een delay hebben geschreven. Van Wyhe schrijft dat Darwin gewoon nog niet klaar was met The Origin.

Voor lezers van dit blog is dat niet veel nieuws. Op maandag 12 februari blogde ik over het boek 'Evolution without Evidence. Charles Darwin and The Origin of Species' van Barry Gale (1982). Gale betoogde dat de publicatie-delay veroorzaakt werd door onvoldoende bewijsmateriaal voor de evolutietheorie en weerbarstige feiten die zich niet lieten verklaren door de evolutietheorie.

Maar eigenlijk is de juiste vraag: waarom duurde het niet langer dan 20 jaar? Of nog preciezer: waarom duurde het niet langer dan 15 jaar. Als er al een delay is dan is het vanaf 1844. Tot de publicatie van The Origin in 1859 is dat een delay van 15 jaar. In 1844 had Darwin een concept van zijn evolutietheorie van niet meer dan 100 pagina's op papier gezet. Dat had hij kunnen publiceren. Maar hij legde het in de kluis, met het uitdrukkelijk verzoek aan zijn vrouw om dat te publiceren mocht hij vroegtijdig overlijden. Dus: waarom heeft het niet langer dan 15 jaar geduurd? De reden was dat Wallace een brief stuurde met zijn eigen theorie over het onstaan van soorten, die vrijwel geheel overeen kwam met wat Darwin in 1844 had opgeschreven. Dat dwong Darwin min of meer tot publicatie over te gaan, na zijn concept met een paar honderd paginas uitgebreid te hebben. Dat kostte hem nog een jaar.

De geherformuleerde vraag 'waarom duurde het 15 jaar?' laat zich makkelijk beantwoorden met Gale's studie. Te veel problemen met de theorie en te weinig bewijsmateriaal. Zie hoofdstuk 'Difficulties on theory' in The Origin. Vergeet niet dat Darwin twee problemen helemaal niet behandelde in The Origin en dat was het ontstaan van het leven en het ontstaan van de mens. Er waren toen geen menselijke fossielen bekend. Wat de oorsprong van de mens betreft is er een tweede delay van 12 jaar. Want pas in 1871 verscheen zijn The Descent of Man. Aan het ontstaan van het leven is Darwin nooit toegekomen. Niemand in zijn tijd is daar aan toegekomen.

 


Dat Darwin enige haast had met publicatie van The Origin zou kunnen blijken uit het feit dat er maar één illustratie in het boek voorkomt en dat is ongebruikelijk voor die tijd, en ook in tegenstelling tot zijn latere werken waar vele illustraties in voorkomen. Zie ook: Jonathan Smith (2006) 'Charles Darwin and Victorian Visual Culture'.

Posted by Gert Korthof at 10:34:38 | Permanent Link | Comments (3) |

Thursday, March 29, 2007

Darwin Loves You !

Boek George LevineOp het blog van William Dembski, één van de intellectuele leiders van de Amerikaanse Intelligent Design beweging, vond ik de volgende post:

Darwin Loves You (and has a wonderful plan for your life!)
by William Dembski.
George Levine has a new book, Darwin Loves You. The book is silly and superficial,
and would not be worth notice except that it serves as Exhibit A for the fact that
Darwinism has become a religion, or at least, a "comprehensive doctrine" in the sense of Rawls (John, not Lou), and hence NOT something that a liberal democracry ought to impose on its citizens by force, as is happening now.

Dat is alles wat Dembski over het boek te zeggen heeft. Merk op dat Dembski het boek niet gelezen heeft, sterker nog: niet wil lezen. Merk op dat de toevoeging "and has a wonderful plan for your life!" van Dembski zelf is en in feite een parodie is op "Jezus has a wonderful plan for your life!". Dembski ziet in de titel van het boek een bewijs dat Darwinisme een religie is geworden! Dit is een emotionele, ja zelfs een hysterische reactie. Als er iets silly en superficial is, dan is het Dembski's eigen reactie. De titel is vreemd, maar als Dembski alleen maar het voorwoord gelezen zou hebben dan zou hij begrepen hebben dat de titel afkomstig is van een bumpersticker die een parodie is op de in Amerika bekende Jezus-Loves-You bumpersticker. Levine had dat met opzet als gekozen als symbool van zijn zoektocht naar de andere Darwin. Paradoxaal genoeg heeft de Intelligent Design beweging al jarenlang geprobeerd te bewijzen dat Darwinisme een religie is. Maar in plaats van dat ze daar nu blij mee zijn, blijkt dat het dat Darwinisme de 'verkeerde' religie is of zoiets. Of wordt religie hier als scheldwoord gebruikt?
Hoe dan ook, de achterliggende redenering van Dembski is: als Darwinisme een religie is, dan mag het niet in biologieonderwijs onderwezen worden, tenzij ID ook wordt onderwezen. Want we hebben dan 2 godsdiensten en je mag de ene niet bevoorrechten ten opzichte van de andere.

Het wil maar niet tot ID-beweging doordringen dat Darwinisme uitsluitend een beschrijving wil geven van hoe de natuur werkt, van het proces dat alle soorten inclusief onszelf heeft geproduceerd, en NIET hoe het zou moeten zijn. 'Strijd om het bestaan' is een globale beschrijving van het mechanisme van evolutie. Niemand van de commentators op Dembski's blog merkt op dat Darwin Loves You een parodie is. Het raakt kennelijk een gevoelige snaar. Ze herkennen het maar al te goed.

Naast voornamelijk hysterische kommentaren op het blog, is er is ook een nuchtere en scherpe reactie:
"Let me get this straight. You’re saying that because some people use the science of 'Darwinism' to help construct a worldview therefore that particular science has become a religion?"

Wat wil Levine met zijn boek Darwin Loves You? Zeker geen nieuwe religie maken van Darwinisme. Levine wil geen worldview, hij wil Darwin op een nieuwe manier lezen. Levine ontkent dat Darwinisme een intrinsieke ontkenning is van alle morele en esthetische waarden en een rechtvaardiging zou zijn voor extreem kapitalisme. Dat volgt helemaal niet uit naturalistische beschrijving van de natuur. Darwin had een seculier, maar esthetisch en moreel inspirerende visie. Darwin had een grote liefde voor de natuur, en de verbondenheid met de natuur. Dat is af te lezen uit de boeken die heeft gepubliceerd: 'On the various contrivances by which British and foreign orchids are fertilised by insects' (wonderlijke samenwerking tussen planten en insecten), 'The Formation of Vegetable Mould through the Action of Worms' (een boek schrijven over eenvoudige of enge dieren als wormen), 'Living Cirripedia, A monograph on the sub-class Cirripedia' (barnacles, waaraan hij 8 jaar gewerkt heeft *); 'The Expression of the Emotions in Man and Animals' (subtiele waarnemingen die de meesten ontgaan). (Dit zijn mijn voorbeelden). Je kan je toch niet je hele leven met het bestuderen van de natuur bezig houden en er over schrijven als je er niet door gefascineeerd bent? Als je er geen inspiratie aan ontleend? Hoewel ik vind dat Levine er niet helemaal in geslaagd is om gestalte te geven aan de andere Darwin, is zijn zoektocht zeker de moeite waard. En kan makkelijk aangevuld worden met meerdere citaten.

Tenslotte nog dit: doordat Dembski en volgelingen het boek niet hebben gelezen, hebben ze een unieke kans gemist. Er staat een citaat in dat ze uitstekend hadden kunnen gebruiken om Darwin en Darwinisme zwart te maken. Jammer, maar eigen schuld. Levine is namenlijk van mening, in navolging van moderne historici, dat je van Darwin geen held moet maken, maar een historische correct beeld moet geven van zijn opvattingen. In zijn boek geeft hij daarom zowel positieve als negatieve kanten. Ook daar kom ik nog wel eens op terug.

*) Cirripedia zijn geleedpotigen verwant aan krabben, kreeftjes. Als volwassen dier hecht het zich vast aan harde ondergrond (stenen of rompen van schepen) en blijft daar zitten. Leeft in getijdenzone (bijv.: Waddenzee).

George Levine (2006) 'Darwin Loves You. Natural Selection and the Re-enchantment of the world'. Princeton University Press, hardback, 304 p.

Informatie over George Levine.

Posted by Gert Korthof at 08:55:51 | Permanent Link | Comments (13) |

Monday, March 26, 2007

De dwaaltocht van het sociaal-darwinisme

Cor Hermans: De dwaaltocht van het sociaal-darwinismeIk besteed hier aandacht aan het boek De dwaaltocht van het sociaal-darwinisme van Cor Hermans omdat biologen dit soort historische-sociologische studies niet moeten negeren. Anders besteden de anti-evolutionisten er op hun manier aandacht aan met alle gevolgen van dien. Het boek is een proefschrift waarop Hermans op 28 oktober 2003 aan de Universiteit van Amsterdam promoveerde (promotor historicus Prof dr P. de Rooij). De 626 pagina's tellende handelsuitgave verscheen bij Uitgeverij Nieuwezijds te Amsterdam en dankzij een tip van Taede Smedes vond ik het bij de Slegte. Uitgeverij Nieuwezijds heeft de 4 hoofdwerken van Darwin in het Nederlands, Menno Schilthuizen's Het mysterie der mysteriën, en Braeckman's Darwins moordbekentenis uitgebracht, en het op dit blog al eerder besproken boek van Chris Buskes Evolutionair denken, dus is niet bepaald een anti-darwinistische christelijke uitgeverij!

Het persbericht: "Cor Hermans betoogt dat het sociaal-darwinisme hecht verbonden is met het denken en werk van Darwin zelf en van prominente darwinisten als Russel Wallace." Ter geruststelling: Hermans is zeker geen Richard Weikart die een directe link tussen Darwin en Hitler propageert. Weikart's boek From Darwin to Hitler verscheen in 2004, dus 1 jaar na het verschijnen van het boek van Hermans, zodat Hermans helaas het boek van Weikart niet kon bespreken. Als Hermans het over sociaal-darwinisme heeft, bedoelt hij niet het nationaal-socialisme van Hitler. Toch leggen velen die associatie omdat de anti-Darwinist, historicus, Christen, Intelligent Design Theorist en fellow van het Discovery Institute Richard Weikart dat doet. Hermans definieert het sociaal-darwinisme als 'de toepassing door darwinisten en Darwin zelf van de theorie van natuurlijke selectie op de moderne menselijke beschaving, door die theorie te vertalen in een eugenetisch programma van samenhangende sociale en politieke actiepunten, gericht op een verbetering van de kwaliteit van het blanke ras." (p.236) (blanke?). Op pagina 529 vraagt hij zich af waarom het sociaal-darwinisme door biologen zo vaak geportretteerd is als misbruik van het darwinisme, een aberratie, die ze eerder willen verklaren uit de slechtheid van de sociaal-darwinisten dan uit de eigenschappen van het darwinisme zelf. Maar volgens Hermans is sociaal-darwinisme een belangrijk bestanddeel van Darwins eigen theorie (p.236). Het belangrijkste bewijs dat Hermans aanvoert voor deze stelling is één paragraaf in hoofdstuk 5 van The Descent of Man getiteld: 'Natural Selection as affecting civilised nations'. Uit die paragraaf extraheert Hermans 15 punten die hij 'de best denkbare definitie van de kern van het sociaal-darwinisme' noemt, omdat die nu eenmaal van Darwin zelf zijn. In tegenstelling tot wat Hermans beweert, vind ik dit geen uitgebreide aandacht voor het onderwerp! (20 pagina's of 8% van de 'Descent' of 4% van 'Descent+Selection in Relation to Sex').

Echter, het meest opmerkelijke van het verhaal komt pas wanneer Hermans vertelt dat de denkbeelden uit die paragraaf hoofdzakelijk afkomstig zijn van 7 tijdgenoten van Darwin: Bagehot, Greg, Spencer, Galton, Wallace, Maine en Lubbock. We zien hier het opmerkelijke verschijnsel dat Darwin zich door die 7 auteurs liet inspireren. Op hun beurt waren die auteurs weer geïnspireerd door Darwin's Origin! Een verbazingwekkend web van sociale wisselwerkingen. Dus, hoewel de term 'sociaal-darwinisme' nog niet bestond, bestonden de ideëen die later zo genoemd werden, al vóórdat Darwin zijn Descent schreef. Er liep dus geen directe lijn van Origin naar Descent. Mijn conclusie is dus dat The Origin en Descent op één paragraaf na vrij is van verwerpelijk moraliserend taalgebruik. Voor zover Darwin moraliserende taal gebruikte, zie ik dat als typerend voor de vooroordelen van het Victoriaanse tijdperk waarin Darwin leefde. Verder onderscheidt Hermans 14 definities van het begrip 'sociaal-Darwinisme' en constateert dat sociaal-darwinisme nog steeds een omstreden concept is en eerder een verzamelbegrip is. Hij zegt dat de consistente lijn van Darwins denken de bezorgdheid is over de toekomst van de mensheid. Nu, wat is er fout aan bezorgdheid? Dat is alleen maar te prijzen. Een kernbegrip van sociaal-darwinisme is menselijke degeneratie. Welnu, dit vinden we ook terug bij conservatief-christelijke denkers (zondeval)! Ik kan in het boek van Hermans geen christelijke bias vinden, in ieder geval niet in de conclusies.

Mijn voorstel voor het onderscheid tussen misbruik en gebruik van Darwinisme zou zijn: 1) misbruik is eenvoudig te definiëren als Darwinisme gebruikt wordt als rechtvaardiging van een politiek programma dat de overheid laat ingrijpen in de persoonlijke levensfeer van mensen en dat zodoende mensenrechten en democratische principes aantast. 2) Er kan nooit continuiteit zijn van een beschrijvende naar een normatieve uitspraak. Géén stap van 'is' naar 'ought '. Hermans noemt dit: 'onzuivere redenering van natuurlijke toestand naar sociaal voorschrift', maar hij doet er niets mee voor zover ik weet (ik heb nog niet het hele boek gelezen). Dat is verbazingwekkend, want het 'is-ought' onderscheid is een krachtig instrument om misbruik op te sporen en tegen te gaan. Maar ja, Hermans blijft een historicus. 3) morele oordelen ('inferieure', 'superieure' mensen) horen niet thuis in de evolutietheorie.

Wat voor onderzoek zou wel gedaan kunnen worden? Als men het al belangrijk vindt, zou men objectief kunnen vast stellen of en in welke mate natuurlijke selectie wordt opgeheven in menselijke samenlevingen en wat het effect op de genetische samenstelling van de mensheid en de menselijke gezondheid is. En dat laatste wordt bij mijn weten in het geheel niet gedaan.

Wat Hermans onderneemt in zijn proefschrift is van historisch belang. Hij is tenslotte historicus. Moderne evolutiebiologie houdt zich daar niet mee bezig. Als biologen tegenwoordig aandacht besteden aan de historische Darwin dan is het de Origin, niet de Descent en al helemaal niet die ene passage, die voor mij ook nieuw was. Toch besteed ik er hier aandacht aan omdat biologen dit soort historische studies niet moeten negeren. De eenvoudige reden is dat anders de anti-evolutionisten zoals Richard Weikart, Cees Dekker en Harun Yayha er op hun manier aandacht aan besteden, met alle rampzalige gevolgen van dien. En ten tweede zijn wij anders slecht voorbereid en hebben we geen wetenschappelijk verantwoord weerwoord. Ik zal er in de toekomst vast nog wel eens op terug komen, want er valt nog veel meer te zeggen over dit onderwerp.

Grappig is nog de vermelding van het boek From Luther to Hitler. Het bestaat dus wel. Hier is nog een uitgebreide weerlegging van Darwin als racist: The Mis-portrayal of Darwin as a Racist. Zie ook hier lezing wederzijdse beinvloeding Darwin en de Victoriaanse maatschappij.

4 mei 2007: "Fritz Stern, the noted Holocaust historian, professor emeritus at Columbia University, and refugee from Nazi Germany, doesn’t number Darwin and evolution among the chief factors that led up to the Holocaust. Higher on his list are the Protestant clergy" (http://redstaterabble.blogspot.com/ Thursday, May 03, 2007. zoek verder in deze bijdrage naar 'Weikart' voor meer nieuws)

Posted by Gert Korthof at 09:30:19 | Permanent Link | Comments (21) |

Monday, March 19, 2007

Een tropische verrassing

In Science van afgelopen vrijdag 16 maart stond een verrassende nieuwe verklaring voor een bekend verschijnsel in de biodiversiteit, die de gangbare verklaring naar het rijk der fabelen verwijst.
Het verschijnsel is dat er in de tropen meer soorten voorkomen dan in de gematigde streken. In de tropen (de zone die zich 30º ten noorden en zuiden van de evenaar uitstrekt) leven meer dan de helft van alle bekende soorten van onze planeet. De gangbare en voor de hand liggende verklaring is dat er in de tropen meer soorten ontstaan dan in gematigde streken. Een hogere speciatiesnelheid. Maar het aantal soorten is het netto resultaat van (1) de productie van nieuwe soorten en (2) het uitsterven van soorten. De gegevens tot nu toe wijzen er op dat in het verleden de tropen even hard getroffen werden door massaal uitsterven van soorten als de gematigde streken. Dus het verschil moest zitten in dat er in de tropen méér soorten ontstaan.

Weir en Schluter, de auteurs van het artikel, hebben dit probleem op een originele manier aangepakt. Ze redeneerden dat als soortvorming in hoog tempo gaat, de evolutionaire leeftijd van nauw verwante soorten die je nu aantreft jonger moet zijn dan wanneer soortvorming trager verloopt. Dit is een logische implicatie van de theorie. Sterk verwante soorten of zuster soorten (sister species) zijn sterker met elkaar verwant dan met ieder andere soort. De evolutionaire leeftijd van een paar zustersoorten is de tijdsduur sinds ze afgesplitst zijn van hun gemeenschappelijke voorouder. Om die leeftijd te bepalen gebruikten ze de moleculaire klok van het mitochondrial cytochrome b gen. Dit is een gangbare methode. Ze verzamelden de DNA volgorde van dit gen van 191 paren vogels en 118 paren zoogdieren die of in de tropen of in gematigde gebieden voorkomen. Ze hebben vogels en zoogdieren apart bekeken omdat bekend is dat de mutatiesnelheid van vogels en zoogdieren verschilt maar binnen de vogels en zoogdieren constant is. Ook dat is gangbaar en wordt ondersteund door gegevens.


Rupicola

 

In een begeleidende online tabel heb ik een vogelpaar opgezocht waarvan ik afbeeldingen op het internet kon vinden, om een idee te krijgen van de verschillen. Die staan hierboven. De uitkomst van het onderzoek was verrassend: in tegenstelling tot wat verwacht werd waren divergentietijden in gematigde streken korter, dus jonger! Soorten in de tropen hadden gemiddeld een divergentietijd van 3,4 miljoen jaar, terwijl in gematigde streken dit daalde tot onder 1 miljoen jaar hoe verder verdwijderd van de eqautor. Het paradoxale resultaat is dus dat hoewel de tropen meer soorten hebben, ze géén hogere speciation rates hebben! De verklaring is dat er niet meer soorten in de tropen ontstaan, maar ze sterven langzamer uit. In gematigder streken is het uitsterven groter dan de aanwas vannieuwe soorten.
De auteurs concludeerden dat er tot nu toe vooral gekeken werd naar geologische, klimatologische en ecologische factoren die verantwoordelijk zouden zijn voor de verhoogde soortvormingsnelheid in de tropen, maar dat hun resultaten suggereren dat zowel de snelheid van soortvorming als uitsterven varieren met de geografische breedte.

Ik heb één probleem met hun conclusie. Mijn probleem is dat ze dezelfde gelijkmatig lopende moleculaire clock aannemen in de tropen en in de gematigde streken. Maar stel dat de moleculaire klok in de tropen sneller loopt dan in gematigde streken? Dan is je meetinstrument niet onafhankelijk van de geografische breedte. Dan lijken de zusterparendivergentietijden alleen maar langer omdat de klok in de tropen sneller tikt! Dat er een verband is tussen temperatuur en metabolisme en mutatiesnelheid vond ik in het boek van John Whitfield (2006) In the Beat of a Heart (p.228). Door het snellere metabolisme zou het DNA van dieren in de tropen sneller muteren. Volgens de gangbare opvatting zou via die hogere mutatiesnelheid ook de soortvorming verhoogd worden. Dit laatste wordt nu juist tegengesproken door de conclusies van Weir en Schluter. Tenminste, als de moleculaire klok in de tropen niet sneller loopt... En dit hangt volgens mij er weer van af of de mutatiesnelheid afhangt van de luchttemperatuur of de lichaamstemperatuur. Want zowel vogels en zoogdieren houden hun lichaamstemperatuur constant. En ik neem aan dat verwante dieren in de tropen en gematigde streken dezelfde lichaamstemperatuur hebben. Het laatste woord hierover is nog niet gezegd. Ik heb Whitfield een mailtje gestuurd en hem mijn probleem voorgelegd. Afwachten wat hij zegt.

Of de auteurs nu gelijk hebben of niet, wat ze probeerden was een gangbare opvatting over biodiversiteit te falsifieren!


Jason T. Weir and Dolph Schluter (2007) 'The Latitudinal Gradient in Recent Speciation and Extinction Rates of Birds and Mammals', Science 16 March 2007: Vol. 315. no. 5818, pp. 1574 - 1576. Hier een korte samenvatting.

John Whitfield (2006) In the Beat of a Heart . Life, energy and the unity of nature. Info

De plaatjes heb ik op het Animal Diversity Web gevonden.

Posted by Gert Korthof at 10:03:08 | Permanent Link | Comments (24) |

Monday, March 12, 2007

Carpooling, functioneel vreemdgaan en evolutie

Gene sharing and Evolution Gene sharing is een nieuw begrip dat Joram Piatigorsky (2007) geintroduceerd heeft in zijn recente boek Gene Sharing and Evolution: The Diversity of Protein Functions. Gene sharing is een soort carpooling: het gemeenschappelijke gebruik van hetzelfde object. Hij geeft zelf een leuk voorbeeld van een stoel waar je op kunt zitten, of op kunt staan om een lamp aan het plafond te bevestigen, of tegen een deur met dranger zetten om de deur open te houden. Allemaal met dezelfde stoel. Het concept van gene-sharing van Piatigorsky betekent dat één eiwit meerdere chemische functie's kan uitoefenen. Het standaard model voor de evolutie van nieuwe functies is dat een duplicatie van een gen de mogelijkheid geeft dat één van beide vrij kan muteren zonder fitness verlies. Dit kan omdat er één intact exemplaar aanwezig is. Maar uit onderzoek is gebleken dat het hebben van twee copieën géén van beiden vrijmaakt. Daarom is het nog maar de vraag of genduplicatie noodzakelijk is voor de evolutie van nieuwe eiwit functionaliteiten. Gene-sharing zegt dat een eiwit meerdere chemische functies kan uitoefenen zonder gen-duplicatie. Het idee dat single-copy genen coderen voor 2 of meer biochemische functies is niet nieuw en impliceert dat gen duplicatie niet nodig is voor eiwit innovatie.

Orgel heeft ook geclaimed dat eiwit multifunctionaliteit voorafgaat aan genduplicatie in plaats van dat het er een gevolg van is. Het duidelijkste voorbeeld van gene sharing is kip delta2-crystallin and argininosuccinate lyase. Het in water oplosbare structurele eiwit van de lichtdoorlatende ooglens is in hoge concentratie aanwezig en wordt tevens tot expressie gebracht in lagere concentraties in ander weefsels van hetzelfde dier, maar dan met een enzymatische functie. Dus zowel een structurele als een enzymatische functie. Volgens Piatigorsky volgen alle eiwitfamilies die als lens crystallins functioneren het 'gene-sharing principe'.

We moeten dus op een nieuwe manier gaan denken over genen, eiwitten en hun functie. Niet uitsluitend de basevolgorde en de aminozuurvolgorde is van belang. ook is van belang in welke micro-omgeving binnen de cel, in welk weefsel en in welke mate een gen tot expressie komt. Niet langer mogen we een gen identificeren met de functie die we het eerst ontdekt hebben, want het kan een tweede functie hebben die misschien net zo belangrijk is.
Gene-sharing doet geen uitspraak over welke functie belangrijker is of welke functie het eerst ontstaan is. Bovendien kan die multifunctionaliteit in evolutionair opzicht statisch of dynamisch zijn (verschijnen, blijven, verdwijnen). Evolutie van biochemische functies kan dus optreden zonder de traditioneel noodzakelijk geachte verandering in de aminozuur volgorde. Piatigorsky gaat een stap verder door te beweren dat gene sharing geldt voor de meeste eiwitten, en dat dit noodzakelijk is voor de ontwikkeling van nieuwe enzymatische functies in evolutie ('argues that most if not all proteins perform a variety of functions in the same and in different species, and that this is a fundamental necessity for evolution'). Ik ben benieuwd of hij dat in zijn boek waar maakt.

functioneel vreemdgaan

Recentelijk is er in het tijdschrift Biochemistry een soortgelijk mechanisme gepubliceerd. Daar werd op er gewezen dat voor nieuwe enzym functies soms meerdere (soms 10) gelijktijdige mutaties nodig zijn. Dit is geen realistisch scenario (vraag maar aan de Intelligent Design creationist Michael Behe!). Een realistische oplossing is dat een functioneel enzym als bijwerking een stimulerend effect heeft met een lage efficientie op een geheel andere biochemische omzetting. Maar wel een nuttig effect heeft. Dit wordt 'functional promiscuity' genoemd. Inderdaad: het met meerdere partners doen! Wanneer de efficientie van de nevenfunctie verhoogd wordt zonder dat de oorspronkelijke functie achteruit gaat, dan heb je een goed mechanisme voor het evolueren van een nieuwe biochemische functie. En het is gradueel met behoud van fitness! Wat wil je nog meer?


Op de site van de uitgever HUP van het boek van Piatigorsky staat een pdf met Contents, Preface, chapter 1: bijzonder handig als je een idee wilt krijgen waar het boek over gaat.

Livnat Afriat, Cintia Roodveldt, Giuseppe Manco, and Dan S. Tawfik (2006) 'The Latent Promiscuity of Newly Identified Microbial Lactonases Is Linked to a Recently Diverged Phosphotriesterase', Biochemistry, 45 (46), 13677 -13686, 2006. BICHAw 10.1021/bi061268r S0006-2960(06)01268-2. Web Release Date: November 1, 2006. (abstract).

Posted by Gert Korthof at 15:10:25 | Permanent Link | Comments (11) |

Tuesday, March 06, 2007

Beste Andries Knevel,

Beste Andries Knevel,

Je vraagt je af waarom houden christenwetenschappers hun mond als het gaat om steun aan Cees Dekker nadat hij zo werd aangevallen door Plasterk en Borst?

De eerste hint staat al in je stuk: in de twee bundels van Dekker staan veel theologen en filosofen, maar buitengewoon weinig medewerkers vanuit de exacte vakken. Dit komt omdat neo-Darwinisme, de vorm van de moderne evolutietheorie, de huidige stand van de wetenschap weerspiegelt. Daarom zal geen enkele bioloog, chemicus, natuurkundige of cosmoloog, Christen of niet, Cees Dekker steunen wanneer hij de moderne evolutietheorie aanvalt. Daarom hebben de collega’s van Cees Dekker hem openlijk 'in de kou laten staan'. Het was niet uit het lafheid, angst voor hun wetenschappelijke carrière, geestelijke luiheid, onzekerheid of onkunde, maar doordat zij op de hoogte zijn van de stand van zaken in de wetenschap. Wetenschappers hebben ook een geweten, inderdaad. Maar dat schrijft hen voor geen publieke uitspraken te doen die in strijd zijn met het beste wat de wetenschap heeft voortgebracht. Als U gisteravond aanwezig was geweest op het avondcollege van filosoof Herman Philipse, dan had U nog een reden gehoord. Wat Cees Dekker probeert, nl. het bewijs voor God zoeken in gaten in wetenschappelijke theorieën (gaten-theologie), is historisch gezien steeds mislukt. Christelijke wetenschappers met historisch besef beginnen daar dan ook niet aan.

Ik vermoed dat Cees Dekker zo langzamerhand ook een beetje terugkomt van zijn enthousiasme voor Intelligent Design. Nu hij het boek The Language of God van de christelijke wetenschapper Francis Collins gelezen heeft weet hij dat al het leven op aarde een gemeenschappelijke afstamming heeft en dat het wetenschappelijk gezien weinig zin heeft om daar nog tegenin te gaan. Cees Dekker heeft ook openlijk erkend dat al het leven een gemeenschappelijke afkomst heeft, zij het in wat bedekte termen. Hij moet er nog aan wennen. Meneer Knevel, ik kan U aanraden om het boek van de 'christenwetenschapper' (Uw term) eens te lezen, het is vertaald in het Nederlands. U zult dan beter begrijpen waarom wetenschappers Cees Dekker niet steunen in zijn aanval op de moderne evolutiebiologie.

met vriendelijke groeten,

Gert Korthof

(met dank aan Gerdien de Jong voor de verwijzing naar het artikel van Andries Knevel)


zie ook eerdere blogs:

Promovendus van Dekker weerlegt Intelligent Design 28 Januari 2007
Evolutie is een soort schepping 27 Januari 2007
Wat Dekker werkelijk gezegd heeft 26 Januari 2007
Het Dekker - Philipse debat: commentaar 11 December 2006
Het Dekker - Philipse debat: verslag 10 December 2006
Dinsdag had ik een interessant gesprek met Cees Dekker 17 November 2006
Cees Dekker negeert uitdaging 06 September 2006
The Language of God 23 Augustus 2006

Webstats4U

Posted by Gert Korthof at 09:24:46 | Permanent Link | Comments (116) |

Monday, March 05, 2007

Zoek de verschillen: mens - chimpansee

Het verschil en de overeenkomst met onze naaste verwanten, chimpansee, bonoboo heb het altijd een uiterst fascinerende en belangrijke vraag gevonden. Met name wat het genetisch verschil is. Dat moet klein zijn, gezien de grote genetische overeenkomst die meestal geschat wordt op 98%. Een klein verschil met grote gevolgen. De onvermijdelijke volgende vraag is: hoeveel mutaties moet dat gekost hebben? En kunnen we uitrekenen hoeveel tijd er minimaal nodig is om van een chimpansee-achtig dier een mens te maken? Dit moeten we vervolgens vergelijken met onafhankelijke gegevens over de mens-chimpansee afsplitsing (ongeveer 5-7 miljoen jaar geleden). Dan pas kunnen we de voorspellende waarde van onze populatiegenetische theorie beoordelen.

Geheel afgezien van deze kwantitatieve aspecten is het kwalitatieve verschil mens - aap.
In het recente proefschrift Chimpanzees, conflicts and cognition van Sonja Koski staat een beschrijving van dit verschil die ik U niet wil onthouden:


Humans are by far the most intelligent species of all, whichever criteria or measure we take for intelligence. We have sophisticated communication systems extending to virtual networks of information exchange, cultural variation unparalleled in nature, astro- and nanotechnology, written history, philosophy and religions, law-governed social systems; one can come up with endless examples. (p.11).


Wat mij opvalt is het argeloze in de hemel prijzen van de prestaties van de eigen soort en het volkomen voorbijgaan aan de vele on-intelligente aspecten van de menselijke cultuur zoals religieus fundamentalisme en terrorisme, de ontwikkeling en gebruik van de atoombom, de wapenindustrie en het niet ophoudende uitmoorden van soortgenoten, het ruïneren van de eigen leefomgeving en de planeet aarde, etc, etc, etc. Het is dus bijzonder eenvoudig om een definitie van intelligentie te geven, die de mens inferieur ten opzichte van chimpansee maakt. Maar afgezien van de kwestie of we onze intelligentie ten goede of ten kwade gebruiken, feitelijk blijft de vraag hoe we dat verschil in intelligente moeten verklaren. Het zou interessant zijn als we een eiwit in de hersenen van de mens zouden kunnen vinden dat niet in die van chimpansees voorkomt. Met genome sequencing zou dat toch mogelijk moeten zijn.

Nu zijn er recentelijk opmerkelijke ontdekkingen gedaan die die de beantwoording van deze vraag een stuk dichterbij brengen. In Science van vrijdag 2 maart staat een news feature 'Brain Evolution Studies Go Micro'. Het was lang bekend dat mensen een 4x grotere herseninhoud hebben dan chimpansees. Maar nu is er een nieuw soort zenuwcel ontdekt (VEN's) die alleen in mensapen en mensen voorkomt, en niet in andere primaten. Het liefst had ik natuurlijk dat die neuronen alleen in menselijke hersenen voorkwamen. Maar de werkelijkheid is subtieler: in de mens zijn ze groter en zijn er meer van. Dus toch een verschil.
Maar het wordt nog mooier: die neuronen komen in twee hersengebieden voor die betrokken zijn bij aspecten van sociale emotie's zoals vertrouwen, invoelend vermogen, schuldgevoel en schaamte. ("In humans, both of these structures appear to be involved in aspects of social cognition such as trust, empathy, and feelings of guilt and embarrassment"). Nu zijn volgens mij invoelend vermogen en schuldgevoel de bouwstenen van hulpvaardigheid, altruisme en 'geweten'. Zonder invoelend vermogen zul je niet gauw een medemens helpen, en zonder schuldgevoel heb je waarschijnlijk niet een sterk ontwikkeld 'geweten'. Het lijkt er op dat we hier de localisatie van precies die bouwstenen van altruisme gevonden hebben, die Francis Collins in bovennatuurlijke sferen en de Bijbel zoekt. Je moet het dus in de hersenen zoeken, niet in de hemel!

Dat die hersengebieden ook in mensapen gevonden zijn is een prachtig aanvullend bewijs op het gedrags onderzoek van ethologen als Frans de Waal. Francis Collins zit dus volstrekt op het verkeerde spoor. Natuurlijk is verder onderzoek nodig naar wat die neuronen precies doen. De vondst van VEN neuronen in walvissen maakt het verhaal gecompliceerder. Er zijn nog andere structuren in de menselijke hersenen gevonden (minicolumns) die duidelijk verschillen met die van chimpansees. Voor een evenwichtig beeld van het verschil mens - chimpansee moet ook onderzoek naar agressie in het verhaal opgenomen worden. Wanneer dit allemaal uitgekristalliseerd is, kan pas het onderzoek naar de genetische basis van dit alles beginnen. En pas daarna hoeveel mutatie's we nodig hebben om van een chimpansee-achtig dier een mens te maken. I can't wait...
Overigens zijn er ook voor taalkundigen interessante ontdekkingen gedaan (Broca's area)...



Michael Balter (2007) 'NEUROANATOMY: Brain Evolution Studies Go Micro'. Science 2 March 2007: Vol. 315. no. 5816, pp. 1208 - 1211

Maarten Derksen (2007): 'De mens is de mens een aap. Empathie en moraal bij apen en mensen' in: Academische boekengids. (bespreking van de twee recentste boeken van Frans de Waal).

Francis Collins: review van zijn boek (update: 2 maart 2007).
Posted by Gert Korthof at 12:39:54 | Permanent Link | Comments (16) |